Không chỉ sử dụng chữ ký “khô” (dấu chữ ký) của GS Trần Phương – Chủ tịch HĐQT kiêm Hiệu trưởng nhà trường để điều hành các hoạt động, HUBT hiện cũng chưa hoàn thành việc chuyển đổi mô hình từ trường đại học dân lập sang mô hình đại học tư thục theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và cũng chưa thành lập được Hội đồng trường (HĐT) theo quy định. Điều đó dẫn tới việc HUBT nhiều năm nay rơi vào tình trạng khủng hoảng công tác quản trị, nội bộ mất đoàn kết; các vụ tố cáo, khiếu nại kéo dài.