Cụ thể, việc điều chỉnh tổng mức đầu tư của dự án lên 47.325 tỉ đồng, cao gấp hơn 2,5 lần mức phê duyệt ban đầu, nên theo quy định, mức vốn đầu tư này đã trở thành dự án trọng điểm Quốc gia, phải trình Quốc hội xem xét và thẩm quyền quyết định thuộc Thủ tướng Chính phủ.

Tuy nhiên, UBND TP Hồ Chí Minh đã giao cho Phó Ban quản lý đường sắt đô thị Hoàng Như Cương phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án. Kiểm toán Nhà nước kết luận, việc này là trái thẩm quyền.

Đây là dự án thuộc công trình trọng điểm Quốc gia, nhưng Sở Kế hoạch - Đầu tư TP Hồ Chí Minh được giao thẩm định dự án là không đúng thẩm quyền. Đã vậy, nội dung thẩm định không đảm bảo quy định, như không đánh giá tổng mức đầu tư; không kiểm tra tính đầy đủ, hợp lý của các khoản mục chi phí trong tổng mức đầu tư...

Kiểm toán Nhà nước còn xác định, theo quy định đơn vị thẩm tra phải do người quyết định đầu tư thuê, Bộ Giao thông vận tải đã có đề nghị nhưng UBND TP Hồ Chí Minh vẫn chỉ đạo đơn vị thẩm định sử dụng kết quả thẩm tra tổng mức đầu tư của đơn vị tư vấn do JICA thuê là không phù hợp quy định.

Ngoài ra, theo Kiểm toán Nhà nước, UBND TP Hồ Chí Minh còn quyết định phê duyệt điều chỉnh dự án khi chưa có báo cáo đánh giá hiệu quả đầu tư và chưa rõ ràng về nguồn vốn đầu tư. Quyết định phê duyệt tổng mức đầu tư điều chỉnh không đúng giá trị lập; việc thay đổi vật tư, cách tính toán giá trị không chuẩn… cũng đã khiến dự án bị đội vốn hàng ngàn tỉ đồng.

Robot khổng lồ được đưa vào thi công tuyến đường ngầm thuộc gói thầu CP1a.

Kiểm toán Nhà nước cho rằng, việc UBND TP Hồ Chí Minh phê duyệt điều chỉnh thời gian thực hiện dự án từ mốc hoàn thành vào năm 2017 sang hoàn thành năm 2019 là không tuân thủ trình tự và thẩm quyền. Bởi theo quy định, với những dự án trọng điểm Quốc gia khi kéo dài thời gian thực hiện từ 1 năm trở lên, phải trình Chính phủ để báo cáo Quốc hội xem xét, quyết định.

Gần đây, Thanh tra TP Hồ Chí Minh cũng đã tiến hành thanh tra và đưa ra kết luận việc thực hiện gói thầu CP1a - đoạn đường hầm đi ngầm từ ga Bến Thành đến ga Nhà hát thành phố của dự án tuyến metro số 1.

Kết luận Thanh tra đã chỉ ra rằng, trong quá trình thực hiện gói thầu CP1a, Ban Quản lý đường sắt đô thị TP Hồ Chí Minh đã vi phạm rất nghiêm trọng trong việc tự điều chỉnh thiết kế kỹ thuật mà chưa được sự đồng ý của cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thiết kế. Theo đó, độ dày tường vây của đoạn đi ngầm này đã được ban quan lý đường sắt đô thị cho phép đơn vị thi công giảm từ 2m đã xuống còn 1,5m.

Báo cáo với UBND thành phố về việc này, Ban Quản lý đường sắt đô thị cho rằng việc thay đổi thiết kế đã làm lợi cho thành phố. Thực tế chi phí chỉnh sửa lại còn tốn kém gấp nhiều lần. Thiết kế do tư vấn nước ngoài lập, các bộ ngành đã có ý kiến nên theo Thanh tra thành phố, bất kỳ thay đổi nào cũng phải được các đơn vị này đồng ý, việc tự ý cho phép thay đổi thiết kế của Ban Quản lý đường sắt đô thị là sai phạm hết sức nghiêm trọng.

Đ.Thắng