Thông tư này quy định các hoạt động liên quan đến sản xuất, kinh doanh, công bố sản phẩm, ghi nhãn và hướng dẫn sử dụng thực phẩm chức năng bao gồm thực phẩm bổ sung, thực phẩm bảo vệ sức khỏe và thực phẩm dinh dưỡng y học, kể cả thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt.

Thông tư cũng quy định về điều kiện đối với sản xuất, kinh doanh, bảo quản, vận chuyển thực phẩm chức năng, cụ thể: Cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ, nguyên liệu sản xuất, bao bì chứa đựng và người trực tiếp sản xuất, người kinh doanh  phải thực hiện theo quy định của Bộ Y tế. Cơ sở sản xuất dược phẩm đã được cấp chứng nhận thực hành sản xuất tốt khi sản xuất thực phẩm chức năng được miễn cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm. Thực phẩm bảo vệ sức khỏe phải được bày bán riêng biệt với khu vực bày bán các loại thực phẩm khác. Nhà thuốc phải có khu bày bán riêng cho sản phẩm thực phẩm chức năng.

Thông tư cũng quy định, thực phẩm chức năng phải được thu hồi trong các trường hợp sau: quá thời hạn sử dụng; không phù hợp với quy chuẩn kỹ thuật hoặc quy định về an toàn thực phẩm của Bộ Y tế; thông tin sản phẩm lưu thông trên thị trường không phù hợp với nội dung đã được xác nhận bởi cơ quan cấp giấy tiếp nhận bản công bố hợp quy hoặc không phù hợp với nội dung giấy xác nhận công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm hoặc vi phạm các quy định khác của pháp luật; lưu thông trên thị trường mà chưa có chứng nhận hợp quy hoặc xác nhận phù hợp quy định an toàn thực phẩm; khi cơ quan thẩm quyền các nước hoặc tổ chức quốc tế cảnh báo và được Cục An toàn thực phẩm - Bộ Y tế khẳng định về tính không an toàn của sản phẩm. Thông tư có hiệu lực từ ngày 15/1/2015.

PV