Tại báo cáo này, Kiểm toán nhà nước chỉ rõ công tác quản lý thu thuế xuất nhập khẩu còn bất cập về cơ chế, chính sách, cũng như sai sót trong quá trình thực hiện. 

Cụ thể: có tình trạng người nộp thuế khai báo hàng hóa có tên khai báo giống hệt nhau nhưng đang được áp các mã mô tả và mã hóa hàng hóa khác nhau. 

Tiếp đó là việc chấp hành các quy định về thực hiện quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại một số Cục Hải quan còn hạn chế như chưa thực hiện xử phạt đối với 46 doanh nghiệp chưa nộp 69 báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế theo quy định (Cục hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu, Bình Phước, Đồng Nai, Long An, Tây Ninh, Hà Nam Ninh, Thanh Hóa, Hải Phòng, Huế, Quảng Nam), 16 doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu sản xuất so với sản phẩm xuất khẩu chênh lệch lớn về đơn vị tính, trị giá tính thuế nhưng chưa được làm rõ, Cục Hải quan Quảng Ninh không có văn bản báo cáo cơ quan cấp trên để khắc phục sự cố lỗi do hệ thống E-manifest không nhập được thông tin vào ô khai báo mã HS (ô số 16) đối với việc thông quan 5 lô hàng phế liệu, tổng khối lượng là 252.051 tấn….

Trụ sở Tổng Cục Hải quan

Thậm chí Tổng Cục Hải quan cũng không xử phạt vi phạm hành chính, hoặc chưa hoàn tất việc xử lý vụ việc đối với hành vi vi phạm đã xác định được như: Cục hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Nam, Hà Nội, TP HCM. 

Chưa dừng lại, báo cáo kiểm toán cũng chỉ rõ việc áp dụng thuế suất thuế GTGT đối với thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế và vật tư hoá chất xét nghiệm, diệt khuẩn dùng trong y tế không thống nhất giữa Bộ Tài chính và Bộ Y tế;  Chính sách miễn thuế đối với hàng gia công chỉ quy định đối tượng, điều kiện mà chưa quy định thời gian được miễn; đối với hoạt động sản xuất xuất khẩu chưa quy định cụ thể tỷ lệ hao hụt, tỷ lệ phế liệu, phế phẩm… dẫn đến việc có thể bị lợi dụng để kê khai bán phụ liệu nhưng thực chất bán nguyên phụ liệu trong nước và gây khó khăn cho công tác quản lý của cơ quan hải quan…

Kết quả, Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị Tổng Cục Hải quan nộp ngân sách nhà nước tăng thêm 106 tỷ đồng.

Phạm Huyền