Trong những năm qua, di tích quốc gia đặc biệt Gò Đống Đa đã được Đảng, Nhà nước, thành phố Hà Nội và quận Đống Đa quan tâm đầu tư, tu bổ, tôn tạo và xây dựng hạ tầng nhưng đến nay, việc bảo tồn, phát huy giá trị di tích vẫn tồn tại nhiều vấn đề gây tranh cãi.