Các thủ tục bãi bỏ gồm: Thủ tục thay tờ khai hải quan (thủ công – điện tử); thủ tục thanh khoản tờ khai nhập nguyên liệu sản xuất, xuất khẩu (thủ công – điện tử);thủ tục thông báo hợp đồng gia công ở nước ngoài; thủ tục thanh khoản hợp đồng đặt gia công ở nước ngoài; thủ tục thông báo định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hóa bán vào khu phi thuế quan; thủ tục người khai hải quan trì hoãn xác định trị giá tính thuế (áp dụng đối với thủ tục hải quan thủ công - điện tử); thủ tục sửa đổi, bổ sung hợp đồng gia công, phụ lục hợp đồng gia công (Hệ thống VNACCS). Một số thủ tục được đơn giản hóa như: Thủ tục sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan (thủ công – điện tử); thủ tục Hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập – tái xuất; thủ tục huỷ tờ khai hải quan; thủ tục chuyển cửa khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh đường bộ; thủ tục xem hàng hóa trước khi khai hải quan...

Phan Đức