Mâu thuẫn phát sinh ở chỗ trong giai đoạn trước, căn cứ vào Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính, các DN chuyển xăng dầu tạm nhập tái xuất sang tiêu thụ nội địa không cần mở tờ khai hải quan mới mà tiến hành nộp thuế tại thời điểm mở tờ khai hải quan cũ. Tuy nhiên, sau đó Bộ Tài chính đã căn cứ vào Nghị định 154 (2005) của Chính phủ, yêu cầu các DN phải mở tờ khai Hải quan mới tại thời điểm chuyển tiêu thụ nội địa và nộp thuế tại thời điểm đó. Do năm 2012, chính sách thuế xuất nhập khẩu xăng dầu liên tục thay đổi, nên khi mở tờ khai Hải quan mới, 8 DN đầu mối đã phải nộp bổ sung gần 400 tỷ đồng tiền thuế.

Điều khiến DN bất bình ở chỗ họ cho rằng Công văn 17060 không thể có hiệu lực cao hơn Thông tư hướng dẫn của Bộ, do đó truy thu số thuế trên là bất hợp lý. Bên cạnh đó, việc truy thu lại chỉ thực hiện cho năm 2012, có hồi tố thời điểm trước khi công văn ra đời, nhưng lại không hồi tố các năm trước. Mặt khác, chính Công văn 17060 cũng bị Cục Kiểm tra Văn bản Pháp luật (Bộ Tư pháp) đề nghị hủy bỏ. Các DN cho rằng họ tuân thủ hướng dẫn của Thông tư của Bộ, và nếu Thông tư sai so với Nghị định, Bộ Tài chính phải có trách nhiệm sửa đổi Thông tư trước khi truy thu thuế.

Tuy nhiên, ngày 28/4, Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng cho biết Bộ đã lấy ý kiến của Kiểm toán Nhà nước, tại Văn bản 240 ngày 13/8/2013 KTNN cho biết: Theo quy định tại  NĐ 154, DN phải mở tờ khai mới và thời điểm tính thuế sẽ tính tại thời điểm đăng ký tờ khai mới. KTNN đề nghị Tổng cục Hải quan rà soát tờ khai xăng dầu tạm nhập năm 2012, quyết định truy thu thuế theo kết quả kiểm toán. Đồng thời, Bộ Tài chính cũng đã báo cáo Thủ tướng và được đồng ý cách xử lý như trên. Bộ trưởng Đinh Tiến Dũng cho biết nếu có ý kiến khác, đề nghị Hiệp hội làm việc trực tiếp với Bộ Tài chính

Vũ Hân