Về tổ chức, Nha Công an ở trong Bộ Nội vụ, gồm có: bộ phận bảo vệ chính trị, trị an hành chính, nghiên cứu, văn phòng trường học Công an. Tháng 6/1951, Chủ tịch Hồ Chí Minh gửi thư cho lực lượng tình báo, Người nêu 4 đức tính lực lượng tình báo là “bí mật, cẩn thận, khôn khéo, kiên nhẫn”. 

Tháng 8/1951, Nha Công an tổ chức Hội nghị Công an toàn quốc lần thứ 6 để quán triệt các chỉ thị của Đảng. Hội nghị nhất trí thông qua mô hình tổ chức Công an toàn quốc có: Nha Công an Trung ương, Sở Công an liên khu, Sở Công an Nam Trung Bộ, Sở Công an Nam Bộ, Ty Công an tỉnh, Công an huyện, thị xã, Công an xã… Sau khi được củng cố, kiện toàn về tổ chức, công tác phòng gian, bảo mật, bảo vệ nội bộ, bảo vệ căn cứ được tăng cường.

Ngày 5/6/1952, Ban Bí thư Trung ương Đảng ra chỉ thị về việc phá âm mưu của bọn phản động lợi dụng đạo Thiên Chúa, trong đó nhấn mạnh công tác tuyên truyền, giải thích, vạch rõ âm mưu của thực dân Pháp đối với tôn giáo, vạch mặt bọn phản động lợi dụng tôn giáo chống phá cách mạng. 

Từ năm 1951-1952, địch thả hàng trăm tên biệt kích xuống các tỉnh Sơn La, Lào Cai, Lai Châu, Hòa Bình, Yên Bái… Lực lượng CAND đã cùng Quân đội và nhân dân bảo vệ giao thông, kho tàng, bến bãi, xây dựng cơ sở phát hiện bọn biệt kích, huy động lực lượng bao vây, truy lùng, tiêu diệt hoặc bắt sống, khống chế đánh lại trung tâm địch.

Công an bảo vệ dân công chuyển hàng hóa phục vụ chiến dịch Điện Biên Phủ.

Tháng 8/1952, Trung ương Đảng điều động đồng chí Trần Quốc Hoàn làm Giám đốc Nha Công an Trung ương thay đồng chí Lê Giản. Từ ngày 22 đến 29/8/1952, Hội nghị Công an toàn quốc lần thứ 7 thông qua 7 kết luận quan trọng mang tính lý luận nghiệp vụ Công an.

Tháng 11/1952, Ban Bí thư ra quyết nghị về công tác Công an, trong đó giao thêm cho lực lượng Công an nhiệm vụ bảo vệ võ trang trong các cơ quan đầu não từ Trung ương đến các liên khu ủy và tỉnh ủy, phụ trách việc quản trị trại giam, giáo dục, cải tạo phạm nhân.

Ngày 16/2/1953, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký sắc lệnh đổi Nha Công an Việt Nam thành Thứ Bộ Công an, đồng chí Trần Quốc Hoàn được bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Thứ Bộ Công an. Tháng 8/1953, Hội đồng Chính phủ họp quyết định đổi tên Thứ Bộ Công an thành Bộ Công an trực thuộc Hội đồng Chính phủ, đồng chí Trần Quốc Hoàn giữ chức Bộ trưởng Bộ Công an. Đây là bước phát triển mới rất quan trọng về mặt tổ chức và xây dựng lực lượng Công an đáp ứng tình hình và nhiệm vụ giai đoạn mới.

Thực hiện kế hoạch Nava, Pháp tăng cường lực lượng tình báo, gián điệp ra vùng hậu phương của ta. Lực lượng Công an ở cả 3 miền đã sát cánh cùng quân, dân cả nước mở các cuộc tiến công tiêu diệt địch với quy mô lớn. 

Với phương châm lấy vận động là chính, kết hợp tiến công quân sự, trong các đợt tiễu phỉ, lực lượng Công an đã góp phần làm tan rã hơn 1.000 tên phỉ ở Cao Bằng, 3.000 tên phỉ ở Lào Cai, Hà Giang, 2.000 tên phỉ ở Thuận Châu, Sông Mã (Sơn La). 

Thực hiện chủ trương của Đảng, Công an đã cử cán bộ tham gia điều tra cơ bản ở nông thôn, phân định thành phần các tầng lớp nhân dân, thực hiện giảm tô, giảm tức. Hòa chung với khí thế cả nước phục vụ chiến dịch Điện Biên Phủ, lực lượng Công an thành lập “Ban Công tác tiền phương” nằm trong hội đồng cung cấp mặt trận, nhiệm vụ là bảo vệ các lực lượng tham gia chiến dịch, bảo vệ giao thông vận chuyển, kho tàng, nơi trú quân của bộ đội, dân công…

Trên các tuyến đường quan trọng, Công an lập các trạm kiểm soát người và phương tiện qua lại, các đội tuần tra vũ trang. Từ cuối 1953 đến đầu 1954, lực lượng phản gián của ta đã bắt, khống chế, sử dụng toán gián điệp biệt kích Pháp, lập chuyên án đấu tranh, thu nhiều tin tức về tình hình địch, phục vụ bảo vệ chiến dịch Điện Biên Phủ. Chiến dịch Điện Biên Phủ thắng lợi, lực lượng Công an cùng Quân đội và các ngành vào chiếm lĩnh các thành phố, thị xã, truy lùng bọn gián điệp, phản động, tiến hành các biện pháp bảo vệ vùng giải phóng.

CAND