Năm 35 tuổi, Ông lên làm Thái Thượng Hoàng, năm 41 tuổi chính thức xuất gia tu hành tại Yên Tử và là người sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm. Giáo phái Trúc Lâm do trần Nhân Tông sáng lập là một sáng tạo Việt Nam trên cơ sở Thiền tông.

Thuyết lý của Trúc Lâm - Yên Tử không kêu gọi tín đồ lìa bỏ cuộc sống trần tục, ép xác khổ hạnh mà mang tính chất điều hòa, đề cao nhân nghĩa, giáo dục lòng nhân đạo, không phân biệt giầu sang.

Đặc biệt nhấn mạnh người giầu phải thương kẻ khó, khi hiển vinh phải nhớ lúc gian nan và luôn nhớ về cội nguồn của mình, Hạt nhân cơ bản của Thiền phái Trúc Lâm là chữ Tâm với nghĩa "Tâm cứu độ chúng sinh, tâm giải phóng dân tộc , tâm hoà nhập cộng đồng".

Trần Nhân Tông đã đưa Đạo Phật thời Trần nhập thế, không xa xôi huyền vi mà trở thành một tông phái độc lập. Ông mất ngày 3/11 năm Mậu Thân tức ngày 16/11. Kỷniệm 700 năm Phật Hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn,từ ngày 25 đến ngày 27/10, Tỉnh Quảng Ninh đã tổ chức Đại lễ tưởng niệm với nhiều hình thức sinh hoạt văn hóa, tôn giáo phong phú tại chùa Yên Tử và nhiều địa phương khác trong tỉnh.

Sau Đại lễ tưởng niệm lần này, Giáo hội Phật giáo Việt Nam và Tỉnh Hội Phật giáo Quảng Ninh sẽ đề nghị tổ chức kỷ niệm ngày mất của Phật Hoàng Trần Nhân Tông hàng năm, được coi như Quốc giỗ của Phật giáo và đồng thời cũng xúc tiến đề nghị các cơ quan chức năng của nhà nước trình UNESCO công nhận Trần Nhân Tông là Danh nhân Văn hóa Thế giới                       

Vũ Ninh