Hàng hóa XNK của nhiều địa phương dồn về TP Hồ Chí Minh nên các tuyến vận tải đường thủy từ các cảng biển ở TP HCM và tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu về khu vực ĐBSCL đã phủ khắp các tỉnh, thành với lượng phương tiện hùng hậu. Dù vậy, hoạt động vận tải hàng hóa phục vụ XNK bằng đường thủy lại khá èo uột do không khai thác được nhiều hàng.