Tổ công tác liên ngành có nhiệm vụ tham mưu với lãnh đạo Ủy ban Quốc gia phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma túy, mại dâm và lãnh đạo Bộ Công an, Bộ Công Thương, Bộ Y tế, Bộ Tài Chính, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn thực hiện nhiệm vụ.