Không chỉ sai trong việc gây lãng phí, kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước về hoạt động xây dựng và quản lý vốn đầu tư Dự án cải tạo, nâng cấp tuyến đường sắt Yên Viên-Lào Cai thuộc hành lang Côn Minh-Hải Phòng còn chỉ ra hàng loạt sai phạm khác như sai đơn giá, sai định mức.