Bộ Công thương cũng đã chỉ ra một số tồn tại như một số đơn vị tư vấn mới thành lập, thiếu kinh nghiệm; nhà thầu thi công thiếu nhân lực và thiết bị; chủ đầu tư các dự án thuỷ điện nhỏ (chủ yếu là DN tư nhân) thiếu đội ngũ chuyên môn có kinh nghiệm nên quản lý chất lượng chưa được chặt chẽ.
