Năm 2019, Cục Hải quan Khánh Hòa được Bộ Tài chính giao dự toán thu NSNN 1.140 tỷ đồng (trong đó thu trên địa bàn Khánh Hòa 1.130 tỷ và Ninh Thuận 10 tỷ), chỉ tiêu ngành Hải quan giao phấn đấu là 3.000 tỷ. Do triển khai quyết liệt và đồng bộ công tác thu và chống thất thu NSNN, trong 6 tháng đầu năm số thu NSNN (đến ngày 30-6-2019) 2.417,29 tỷ, đạt 212,04% chỉ tiêu kế hoạch, 80,58% chỉ tiêu phấn đấu.