Ninjutsu từng là một môn học quân sự riêng biệt tại một số ngôi trường cổ của Nhật Bản, tích hợp nghiên cứu các môn võ thuật (taijutsu) thông thường cùng với shurikenjutsu (thủ lý kiếm thuật), kenjutsu (kiếm thuật), sojutsu (thương thuật), bojutsu (bổng thuật) và những loại khác.
