Trong thời gian xây dựng công trình tu bổ Miếu bà Chúa xứ, Nguyễn Hữu Lý với vai trò là Giám đốc Ban quản lý khu di tích Gò Tháp – đại diện chủ đầu tư nhưng đã không thực hiện đúng và đầy đủ trách nhiệm, gây thất thoát ngân sách nhà nước hơn 3,7 tỷ đồng.
