Là hệ đầm phá nước lợ lớn nhất Đông Nam Á, tạo nguồn sinh kế cho hàng nghìn hộ dân ở các địa phương thuộc tỉnh Thừa Thiên-Huế, tuy nhiên hiện đầm phá Tam Giang - Cầu Hai đã và đang bị ô nhiễm nghiêm trọng do rác thải. Đặc biệt sau mỗi trận lũ, rác thải, túi nilon từ sông Hương đổ về khiến nhiều khu vực trên đầm phá ô nhiễm nặng nề hơn.