Với 44/64 tỉnh, thành phố có biên giới, trong đó có 34 địa phương có đường thuỷ nội địa nằm trong khu vực biên giới, nhiều phương tiện hoạt động, nhân dân qua lại đông đúc, điều kiện đảm bảo TTATGT còn rất nhiều bất cập.

Trong 5 năm qua (1999 - 2004) xảy ra nhiều vụ trấn cướp, tàu thuyền vận tải nước ngoài vi phạm chủ quyền, buôn lậu, tranh chấp ngư trường, khai thác hải sản, sử dụng chất nổ để khai thác hải sản, sử dụng, buôn bán ma tuý...

Qua công tác tuần tra kiểm soát đã phát hiện 80 vụ với 75 đối tượng dùng chất nổ khai thác thuỷ sản, thu giữ hơn 4 tấn thuốc nổ; phát hiện 199 vụ với 18 phương tiện, 206 đối tượng sử dụng xung điện khai thác thuỷ sản...  Theo báo cáo chưa đầy đủ, 5 năm qua, hai lực lượng trên đã phối hợp bắt 416 vụ với 288 phương tiện, 541 đối tượng buôn lậu, số hàng lên tới hơn 10 tỷ đồng, trong đó có cả ma tuý...

Điển hình như CSGT đường thuỷ và Đồn Biên phòng 518 Bà Rịa - Vũng Tàu phối hợp tuần tra kiểm soát trên sông Cửa Lấp - Cỏ May đã phát hiện tàu BV - 8585 H vận chuyển trái phép đi Tp. Hồ Chí Minh 15 mặt hàng điện tử nhập lậu, trị giá hàng trăm triệu đồng...

Cùng thời gian này, các lực lượng đã phối hợp bắt giữ 24 đối tượng truy nã, 4 vụ cướp trên biển, 51 vụ với 206 đối tượng vận chuyển và sử dụng chất ma tuý, 80 vụ vận chuyển thuốc nổ, 104 vụ với 127 đối tượng trộm cắp, giải quyết  38 vụ về TTXH trên đường thuỷ với 47 đối tượng, trong đó có nhiều vụ gây rồi trật tự công cộng, bắt nhiều vụ gái mại dâm và đối tượng môi giới mại dâm...

Ngoài ra, hai lực lượng ở nhiều địa phương đã trao đổi thường xuyên tình hình đối tượng có lệnh truy nã, đối tượng có biểu hiện hoạt động buôn bán, vận chuyển các chất ma tuý; tình hình và số phương tiện qua lại biên giới, số phương tiện thường bám buộc tàu nước ngoài để phối hợp bắt giữ, quản lý

T.Minh