Theo KLTT, việc ban hành quy trình thanh tra thuế còn nhiều thiếu sót, việc xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra của toàn ngành Thuế chưa thực hiện đúng hướng dẫn, dẫn đến hàng năm các đơn vị phải điều chỉnh kế hoạch thanh tra, dẫn đến phê duyệt kế hoạch thanh tra của Tổng cục Thuế thiếu cơ sở, không chính xác.

Toàn ngành Thuế trong các năm đều không hoàn thành kế hoạch thanh tra, kiểm tra được phê duyệt, có năm đạt tỷ lệ rất thấp (năm 2012 Thanh tra Tổng cục Thuế đạt 29% kế hoạch; Cục Thuế Hà Nội đạt 63% kế hoạch).

Tổng cục Thuế, Cục Thuế Hà Nội chưa thường xuyên theo dõi, đôn đốc, kiểm tra, giám sát việc thực hiện KLTT, việc thực hiện truy thu, phạt vi phạm pháp luật về thuế sau thanh tra, kiểm tra. Vì vậy, kết quả xử lý sau thanh tra, kiểm tra thấp.

Đặc biệt, một số KLTT áp dụng văn bản hướng dẫn ưu đãi đầu tư chưa phù hợp làm ảnh hưởng đến quyền lợi của doanh nghiệp. Một số cuộc thanh tra, kiểm tra của Cục Thuế Hà Nội cũng như một số kết luận của Thanh tra Bộ Tài chính thực hiện chưa đúng quy định pháp luật về thuế, cùng một hành vi vi phạm nhưng kiến nghị xử lý khác nhau gây nên sự không bình đẳng giữa các doanh nghiệp, ảnh hưởng quyền lợi của Nhà nước và doanh nghiệp.

KLTT cũng chỉ ra việc chậm chỉ đạo, hướng dẫn, đôn đốc các Cục thuế trong công tác quản lý nợ, hoàn thuế, dẫn đến nợ đọng thuế ngày càng tăng, một số Cục thuế có những vi phạm trong quản lý thuế. Nợ thuế toàn ngành ngày càng tăng: Cuối năm 2012 tổng số nợ 55.056.561 triệu đồng, tới tháng 6-2014 số tiền nợ là 68.904.085 triệu đồng, tăng 13% so với năm trước.

Trước một số vi phạm đã nêu trong KLTT, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ trưởng Bộ Tài chính kiểm điểm các đơn vị, cá nhân vi phạm theo thẩm quyền; chỉ đạo Bộ Tài chính rà soát, hủy bỏ các văn bản ban hành chưa đúng quy định; trên cơ sở các quy định về thuế, Bộ Tài chính rà soát toàn bộ thuế GTGT đối với lãi cho vay của các tổ chức không phải tổ chức tín dụng, báo cáo Thủ tướng Chính phủ để xử lý.

Việt Hà