Cụ thể, trên một số đoạn kênh bị cạn gồm kênh: Chợ Gạo, rạch Kỳ Hôn, kênh Rạch Giá Long Xuyên, sông Đồng Nai có bãi đá ngầm Hiếu Liêm, sông Sài Gòn có bãi cạn tại khu vực cầu Bến Súc và luồng cạn từ km115+500-km126+00, kênh Quản Lộ Phụng Hiệp có luồng cạn khu vực cống Cà Mau kênh Lấp Vò Sa Đéc hiện có tới 11 đoạn luồng bờ phải, bờ trái bị cạn. 

Bên cạnh đó, một số tuyến có chướng ngại vật gây nguy hiểm cho tàu thuyền. Cụ thể, sông Bảy Hạp có cầu bê tông cốt thép bị sụp trong hành lang bảo vệ luồng, khi thủy triều lên trở thành vật chướng ngại nguy hiểm cho tàu thuyền đi sát bờ. Kênh Rạch Sỏi Hậu Giang tồn tại vật chướng ngại là sàn, cọc bê tông kênh Rạch Giá Long Xuyên có chướng ngại vật là lớp rọ đá và mỏm đá ngầm. 

Cục Đường thủy nội địa Việt Nam khuyến nghị chủ phương tiện, người điều khiển phương tiện lưu thông trên các khu vực sông, kênh phía Nam cần chủ động tìm hiểu điều kiện thực tế của luồng và chỉ dẫn của báo hiệu đường thủy để quyết định điều khiển phương tiện lưu thông an toàn.

Nhật Uyên