Trước đó, Bộ đã nhiều lần có văn bản thể hiện sự đồng tình ủng hộ chủ trương xây dựng tuyến đường sắt và ga tàu điện ngầm nói trên, nhưng cũng kiến nghị nhà ga xây dựng trong khu vực này cần đặt xa hơn. Lý do là hồ Hoàn Kiếm là khu vực trọng yếu, gắn với lịch sử, văn hiến của Hà Nội và là không gian có giá trị thẩm mỹ và cảnh quan nên cần có giải pháp hài hòa giữa bảo tồn và phát triển. 

Bộ đề nghị thành phố chỉ đạo cơ quan nghiên cứu thêm các phương án bố trí nhà ga, tịnh tiến thân ga về phía Đông đường Đinh Tiên Hoàng. Việc tịnh tiến này sẽ giúp nhà ga nằm cách xa bờ phía Đông của hồ Hoàn Kiếm, nằm ngoài khu vực khoanh vùng bảo vệ 2 (khu vực bao quanh vùng lõi) của di tích lịch sử, danh lam thắng cảnh quốc gia hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.

Mới đây, Ủy ban Văn hóa, Giáo dục Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội đã có văn bản gửi Ủy ban Thường vụ Quốc hội và Thủ tướng Chính phủ, kiến nghị xem xét lại việc xây dựng công trình nói trên. Lý do là công trình “không chỉ vi phạm Luật Di sản Văn hóa mà còn tiềm ẩn nhiều nguy cơ, ảnh hưởng không thể khắc phục đối với di sản, không gian văn hóa của trung tâm Thủ đô”. 

Ngay sau đó, Hà Nội lên tiếng về vấn đề này và cho rằng vị trí đặt ga ngầm C9 hồ Hoàn Kiếm không vi phạm Luật Di sản Văn hóa vì không nằm trong khu vực bảo vệ vùng I. Khu vực bảo vệ II là khu vực bao quanh hoặc gián tiếp với khu vực bảo vệ I là khu vực được phép xây dựng các công trình phục vụ việc bảo vệ và phát huy giá trị của di tích. 

Phần lớn công trình hầm đường sắt đô thị và ga ngầm C9 nằm dưới mặt đất, dưới khu vực bảo vệ II, giúp người dân, du khách thuận tiện hơn trong tiếp cận, phát huy giá trị di tích…

PV